La structure de financement permet à la FCI de remplir son mandat et de répondre aux besoins du milieu de la recherche, de ses partenaires et des autres intervenants concernés.

La structure de financement de la FCI se fonde sur trois modes de prestation de programmes : des concours nationaux visant à financer des projets d’infrastructure novateurs (notamment les concours du Fonds de l’avant-garde et du Fonds des initiatives nouvelles); un programme administré sous forme d’enveloppes et qui offre aux universités la flexibilité et la capacité à réagir rapidement pour recruter et maintenir en poste des chercheurs de haut calibre (Fonds des leaders); un programme visant à financer une partie des coûts d’exploitation et de maintenance afin d’assurer une utilisation optimale de l’infrastructure financée par la FCI (Fonds d’exploitation des infrastructures).

En plus de ses trois principaux programmes, la FCI fait des investissements stratégiques au moyen du Programme des initiatives scientifiques majeures, du Fonds collège-industrie pour l’innovation, du Partenariat automobile du Canada et du Fonds des occasions exceptionnelles.