La FCI croit fermement en son obligation de rendre compte au public. Elle attache donc beaucoup d’importance à l’évaluation de l’impact de ses investissements dans l’infrastructure de recherche. Elle est également pleinement consciente de sa responsabilité d’offrir des programmes axés sur les besoins du Canada et qui permettent aux chercheurs canadiens d’être concurrentiels dans l’économie mondiale du savoir.

La FCI a conclu une entente de financement avec le gouvernement du Canada en ce qui a trait à ses investissements et ses déboursés, et s’y conforme dans toutes ses activités. La FCI est un organisme autonome et indépendant qui relève d’un conseil d’administration.

La FCI a mis en place plusieurs mécanismes pour rendre compte de ses activités et opère en toute transparence. Elle procède à des évaluations officielles de ses programmes pour en déterminer l’impact et la valeur pour les Canadiens.

Pour s’assurer qu’ils offrent les meilleurs résultats possibles aux Canadiens, la FCI demande aux établissements dont elle appuie l’infrastructure de rendre compte de plusieurs façon. Les établissements sont invités à préparer et à mettre à jour périodiquement des plans stratégiques et une liste de priorités de recherche qui tiennent compte de l’évolution de leur milieu. Ces plans et ces listes sont ensuite rendus public. Les établissements doivent également soumettre un rapport institutionel d’avancement en regard de ces plans qui sont publiés et transmis au ministre de l’Industrie. En outre, les établissements doivent soumettre un rapport annuel des résultats de chaque projet pendant une période d’au moins cinq ans. Enfin, conformément à leur engagement à promouvoir les investissements de la FCI dans leur région, les établissements sont invités à partager leurs plans de communication avec la Fondation.

Tous les projets recevant 4 millions de dollars ou plus de la FCI ainsi qu’un échantillonnage des autres projets appuyés sont sujet à une vérification qui est réalisée à l’établissement même. La FCI effectue aussi des visites de suivi à intervalles réguliers auprès des établissements pour s’assurer qu’ils ont en place des procédures comptables adéquates.

Le ministre de l’Industrie dépose au Parlement le rapport annuel de la FCI qui est ensuite largement diffusé parmi le public. À intervalles réguliers, la FCI comparaît devant le Comité des finances nationales et le Comité permanent de l'industrie, des sciences et de la technologie. Elle tient également des séances d’information régulières à l’intention des députés, sénateurs et hauts fonctionnaires.