Une équipe de l'Université de l'Alberta (ci-dessus) a présenté une trousse d'outils pédagogiques permettant l'assemblage rapide de l'ADN de l'E. coli dans le cadre de la compétition iGEM à Boston.
Paige Hacking, Université de l?Alberta
Il suffit de mentionner la bactérie Escherichia coli, ou E. coli, pour que bien des gens se mettent immédiatement à s’en inquiéter. Après tout, certaines souches d’E. coli, généralement contractées suite à l’ingestion de bœuf haché insuffisamment cuit, ont été associées à des cas de fortes diarrhées, d’insuffisance rénale et même à des décès. Mais un groupe d’étudiants de premier cycle de l’Université de l’Alberta (U de A) s’applique à lever le voile sur l’aspect positif de l’E. coli.
Les chercheurs savent que l’E. coli nous réserve encore bien des surprises. La majorité des souches de la bactérie, tout à fait bénignes, servent en quelque sorte de bêtes de somme dans les laboratoires. Comme l’E. coli est la bactérie la mieux connue dans le monde, elle est devenue un organisme modèle, essentiel au cœur de nombreux domaines de recherche, notamment, la biologie moléculaire, la génétique et la biochimie.
En outre, il est facile et relativement simple de cultiver l’E. coli en laboratoire. Les chercheurs de premier cycle de l’U de A sont à démontrer que le processus d’assemblage des gènes d’E. coli peut être plus facile, moins cher et plus rapide encore, et ils mettent toute leur énergie à démontrer l’aspect bénéfique de cette bactérie.
En 2009, une équipe d’étudiants des facultés des sciences biologiques et d’ingénierie de l’U de A ont mis au point une méthode accélérée d’assemblage des gènes, 100 fois plus rapide que celles utilisées antérieurement. Les étudiants ont présenté les fruits de leur recherche à la compétition internationale de mécanismes génétiquement modifiés (iGEM) de l’Institut de technologie du Massachusetts à Boston – la plus importante épreuve mondiale en biologie de synthèse s’adressant aux chercheurs de premier cycle.
En compétition avec plus d’une centaine d’équipes universitaires, incluant de grosses pointures provenant notamment de Cambridge, Stanford et Harvard, les jeunes chercheurs de l’U de A ont décroché le prix de la meilleure percée fondamentale, l’une des plus prestigieuses récompenses de l’iGEM.
En vue de la compétition iGEM 2010, une autre équipe de l’U de A s’est employée tout l’été à mettre à profit cette dernière découverte. Le groupe, beaucoup plus diversifié, se composait d’étudiants de 14 départements, dont celui des sciences informatiques, du dessin commercial et du graphisme.
Leur plan consistait à concevoir une trousse d’outils pédagogiques à l’intention des élèves du secondaire, afin de leur permettre d’assembler rapidement l’ADN de l’E. coli à l’aide de leur nouvelle méthode d’assemblage des gènes. L'objectif était de donner aux scientifiques en herbe la possibilité de construire leur propre modèle d’ADN, tout en leur enseignant les aspects bénéfiques de la bactérie E. coli.
Mike Wilson, membre de l'équipe de l'Alberta, pose devant l'affiche présentant le groupe. Le projet de '?équipe a été louangé par les juges et a soulevé l'intérêt des entreprises de biotechnologie.
Paige Hacking, Université de l'Alberta
Bien que l’équipe de l’U de A ne soit pas au nombre des finalistes (les grands honneurs reviennent, cette année, à des universités de la Slovénie, de la Chine et de la Grande-Bretagne), son esprit d’innovation a été louangé par les juges et a également soulevé l’intérêt de plusieurs représentants d’entreprises biotechnologiques qui ont assisté à l’événement.
« Cette compétition a vraiment suscité chez nous bien des réflexions sur l’orientation à donner à cette technologie, indique Paige Hacking, 20 ans, membre de l’équipe et étudiante en troisième année à la faculté des sciences. Il faut trouver comment on pourrait la mettre en marché. Nous ne savons pas quelle est la meilleure façon d’y arriver, mais nous devons vraiment nous pencher sur la question. »
Paige Hacking relève de nombreux avantages pratiques dans la possibilité de construire plus rapidement l’ADN de l’E. coli et réaliser ainsi des économies en laboratoire. Elle estime que, en plus de son rôle important dans le développement de nouveaux produits pharmaceutiques, la bactérie E. coli deviendra de plus en plus commune dans la recherche sur les nouvelles technologies environnementales.
« Un des enjeux majeurs sera de trouver des moyens de dissoudre les déversements d'hydrocarbures plus rapidement et sur de plus vastes étendues, poursuit-elle. La recherche sur l’E. coli pourrait nous aider à y parvenir. »
La jeune chercheuse, qui envisage une carrière en médecine, a trouvé l’expérience de l’iGEM très inspirante.
« C’est super génial de côtoyer toutes ces équipes internationales, dit-elle. Ça nous ouvre vraiment les yeux sur les multiples possibilités qui peuvent naître du travail d’étudiants, même de premier cycle. Beaucoup de ces travaux auraient pu être l’œuvre d’étudiants à la maîtrise ou au doctorat. Je suis évidemment très fière de ce que notre équipe a accompli, mais je suis également vraiment impressionnée par la qualité de la recherche des étudiants de premier cycle partout dans le monde. »
